众所周知，黄宗羲《明儒学案》分三部分，一是生平小传，二是学术宗旨述评，三是抄录论学语。不过，其中尚有一些批注，似尚未为学者所注意。
《明儒学案》中的批注，夹杂在论学语中，很难看出来，初步翻检了一下，总数不是很多，约有20余条，主要见于卷七、卷八、卷十二、卷十八、卷十九、卷二十三、卷三十五、卷四十四、卷五十二、卷五十五、卷五十八、卷五十九、卷六十二。中华书局2008年的点校本中，这些批注与正文用同样的字体，只是低两格，很难分辨，不仔细看，还以为是传主的论学语。《黄宗羲全集》本中，这类批注改用仿宋字体，且低二格，与正文的宋体能够区分，就显得清楚多了，但仍有个别地方处理不当。如卷44曹端论学语中的批语，虽用仿宋体，但反而比正文高一格。卷52张岳论学语中的批语，虽低二格，但未用仿宋字体，而是用宋体，且小一号字。但无论是中华本还是全集本，对这些批注都没有作出任何说明。
这些批注，从语气看，显系编者黄宗羲所加，如有的批注中有“羲谓”等语。其内容主要是对一些传主论学语的评论，其中有不少批评性语气。另外，比较特殊的是《姚江学案》中的批语不是黄宗羲的，而是刘宗周的，因为《姚江学案》的论学语是节录自刘宗所编的《阳明传信录》，在其中有刘宗周的批语，黄宗羲连批语一起将其节抄到《明儒学案》中，但没有作任何说明。
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